La mission principale du CRE est d'organiser, coordonner et animer les recherches sur les écosystèmes et les ressources naturelles, en particulier dans les Aires Protégées (Parcs, Réserves, forêts classées) et les sites sacrés.

Plus spécifiquement le CRE est chargé des missions suivantes :

• Recherche sur les écosystèmes, en particulier les Aires Protégées, Classées et sacrées du territoire national, les milieux aquatiques notamment les Eaux continentales et la Zone côtière, les Zones urbaines et périurbaines en vue du développement durable ;
• Recherche pour la mise à disposition des différents acteurs du développement d'une base de données dynamique en matière écologique et environnementale ;
• Développement de la synergie entre Formation-Recherche-Développement ;
• Renforcement des capacités humaines, scientifiques et techniques pour le développement durable ;
• Renforcement de la Coopération nationale, régionale et internationale dans le domaine de la recherche écologique et environnementale ;
• Evaluations environnementales (études d'impact environnemental, audit environnemental, expertises et conseils en écologie, en environnement et en développement durable)